Szef Biura Bezpieczeństwa Narodowego kieruje Biurem przy pomocy Zastępców Szefa Biura oraz dyrektorów.

Kompetencje dyrektorów i zakres zadań w kierowanych przez nich komórkach zostały określone w Zarządzeniu nr 20/2012 Szefa Biura Bezpieczeństwa Narodowego z dnia 23 listopada 2012 r. w sprawie szczegółowego zakresu zadań komórek organizacyjnych Biura Bezpieczeństwa Narodowego.

Dyrektor:

• kieruje komórką organizacyjną Biura,
• może powoływać zespoły lub wyznaczać podległych pracowników do wykonywania określonych zadań. W przypadku powołania zespołu dyrektor ustala jego nazwę, zakres i tryb działania oraz skład osobowy,
• może upoważnić podległych pracowników do podejmowania w jego imieniu decyzji lub wykonywania w jego imieniu czynności w określonych sprawach.