Zgodnie z postanowieniami Regulaminu Biura Bezpieczeństwa Narodowego - na czele Biura stoi Szef Biura w randze sekretarza stanu, wyznaczony przez Prezydenta RP, który kieruje pracami Biura.

Szef Biura kieruje Biurem przy pomocy Zastępców Szefa Biura oraz dyrektorów.

Zastępców Szefa Biura powołuje i odwołuje Prezydent Rzeczypospolitej Polskiej na wniosek Szefa Biura.

Zastępcami Szefa Biura Bezpieczeństwa Narodowego są:

• Gen. bryg. rez. Mirosław Bryś
• Gen. bryg. rez. Andrzej Kowalski